中药物研究院以陕西特别是秦巴山区丰富的物种资源为研究对象，主要从事新药的研究与开发及其技术服务等，同时承担医药学院教师科研及培养高层次创新性药学人才的重要使命。中药研究院下设三个研究所，分别为秦巴山区天然药物研究所、中药药理研究所、中药制药工艺技术研究所。主要围绕秦岭特色资源开发与可持续利用研究；中药材、中药饮片、中药炮制的标准化研究；中草药化学成分提取分离的研究；中药药效学、毒理学作用机理研究；秦岭中草药新药应用开发研究等方面开展工作，同时充分利用我院自身产、学、研相结合的优势，不断增强我院的研发、推广及创新能力，为陕西乃至整个西北地区的中药现代化搭建技术平台。